Борис Андреевич Губер родился 9 июля 1903 г. в селе Каменка Киевской губернии России (ныне - районный центр Черкасской области Украины) в семье управляющего имением.
Младший брат известного востоковеда академика Александра Андреевича Губера (их прадедом был глава Московской евангелическо-лютеранской консистории Иоганн Самуэль Губер, приехавший в Россию в 1807 году).
Учился в гимназии, в Вольском кадетском корпусе, стихи писал с 14 лет.
С 1918 году жил в Карачарово Тверской губернии, организовал здесь любительский театр.
Участвовал в гражданской войне на стороне красных (1920), после демобилизации — учитель, библиотекарь, разнорабочий.
Значительную роль в приобщении Губера к литературе сыграла Валентина Витальевна Герн, жена директора санатория Карачарово, в салоне которой бывали поэты-символисты; она познакомила Губера с Евгением Замятиным, участниками группы "Серапионовы братья". Встречи в салоне Герн сыграли значительную роль в становлении Губера как поэта и прозаика.
Первое стихотворение Губера было напечатано в журнале "Красный артиллерист" (1921).
В 1922 Губер начал роман "Врид", окончательно перешёл на прозу в 1924. В прозе сказывается влияние И. Бунина.
1922 г. - переехал в Москву и примкнул к литературной группе "Перевал", был близким другом А. К. Воронского. В группу в разное время входили Иван Катаев, Андрей Платонов, Михаил Пришвин и др.
Автор книг "Шарашкина контора" (1924), "Джаир" (1926), "Соседи" (1926), "Известная Шурка Шапкина" (1926), "Неспящие" (1931), "Бабье лето" (1934), "Апрель" (1936) и других.
В середине 1930-х годов Борис Губер и некоторые члены "Перевала" посещали литературный салон Евгении Соломоновны Хаютиной, жены наркома НКВД Николая Ежова. Губера и других членов "Перевала" обвинили в попытке убить Ежова. По версии следствия план заключался в том, что когда Ежов придет с работы и пройдет в свою комнату, Губер должен открыть входную дверь убийце.
20 июня 1937 г. - арестован. Тогда же задержали и Александра Воронского, Ивана Катаева, Николая Зарудина. Менее чем через месяц все они были приговорены к расстрелу за "участие в контрреволюционной террористической организации"
Казнён 13 августа 1937 г.. Захоронен в общей могиле № 1 на Новом Донском кладбище (Донской район)
1956 г. - реабилитирован
Сочинения
Шарашкина контора. — М.-Л.: ЗИФ, 1926.
Шарашкина конетора. — М., 1927.
Соседи. — М., 1927.
Известная Шурка Шапкина. — М.-Л.: ГИЗ, 1927.
Джаир. — М., 1927.
Бабы придумали. — 1928.
Простая причина. — М.: Федерация, 1928.
Сыновья. — 1930.
(совм. с Г. Глинкой) Эшелон опаздывает. — М.: Федерация, 1932.
Неспящие (сборник очерков о кубанском колхозе). — М.: Федерация, 1931.