1771 г. основано во время эпидемии чумы по указу Императрицы Екатерины II.
В 1829—1838 годы по проекту архитектора Фёдора Шестакова взамен обветшавшей деревянной церкви построен новый каменный храм Сошествия Святого Духа.
До 1917-1918 гг. - на кладбище хоронили, прежде всего, ремесленников, мещан и купцов.
В советское время являлось одним из мест погребения православного духовенства, спортсменов (тех, кто не попал на Ваганьковское), генералов (тех, кто не попал на Новодевичье (причем на Даниловском много генерал-майоров и совсем мало генерал-лейтенантов)
В мае 2016 г. стартовая цена на размещение семейного (родового) захоронения на официальном аукционе составляла: