Основан в 1591 году на месте расположения русского гуляй-города после отражения нападения крымского хана Газы II Гирея, отступившего с большими потерями, что было расценено как чудо.
Донской монастырь был основан богомольным царём Фёдором Ивановичем к югу от города. История обители началась с постройки миниатюрного одноглавного собора Донской Божией Матери (1591—1593), ныне именуемого Старым, или Малым. Посвящение собора и монастыря связано с тем, что в гуляй-городе в дни боёв с татарами действовала походная церковь в честь преподобного Сергия Радонежского, где находилась Донская икона Божией Матери — та самая икона, которой преподобный Сергий благословил Великого князя Димитрия Иоанновича на Куликовскую битву в 1380 году. Изначально собор освятили в честь праздника Похвалы Пресвятой Богородицы, на который пришлась Куликовская битва.
В Смутное время малобратная обитель была разорена польскими войсками и долгое время продолжала пребывать в запустении. По возобновлении царями Михаилом Фёдоровичем и Алексеем Михайловичем монастырь оказался на пути "царского богомолья". Через него проходили крестные ходы к Саввино-Сторожевскому монастырю, в которых принимали участие государи. Но в целом монастырь не мог похвастать благосостоянием; до 1670-х гг. ограда его была бревенчатой. Ситуация стала меняться, когда к нему стали приписывать другие обители. Так, в калужской епархии к Донскому монастырю были приписаны монастыри Шаровкин Успенский, Жиздринский Троицкий, а также Тихонова пустынь.
В конце XVII века на средства царевны Екатерины Алексеевны была предпринята масштабная реконструкция монастыря. В 1698 году был освящён гораздо более крупный по размерам величественный храм, также посвященный Донской иконе (Большой собор). В интерьере зодчим удалось "воссоздать свойственное украинским бесстолпным образцам ясное, залитое светом пространство". Примерно в то же время (1686—1711) была возведена стена с двенадцатью башнями, которые напоминают ограду Новодевичьего монастыря.
В XVIII веке монастырь интенсивно развивается: по описи 1739 года Донской монастырь — крупное хозяйство, которое владеет большими территориями и множеством крепостных душ. В течение этого века формируется величественный комплекс монастыря, каким его можно увидеть и в наши дни. Строится Тихвинская надвратная церковь (1713—1714) и колокольня над западными воротами (окончена в 1753 году). В 1745—1750 годах были возведены архимандритские покои. Также возводится здание духовной семинарии, конюшни, и прочие вспомогательные сооружения.
В 1780-е гг. стены Большого собора были расписаны фресками итальянца Клаудио.
1771 г. - во время Чумного бунта. Беснующаяся толпа наводнила монастырь и убила скрывавшегося в его стенах архиепископа Авмросия, который приказал убрать от Варварских ворот Китай-города чудотворную икону, к которой прикладывались как больные, так и здоровые. Москвичи усмотрели в изъятии крамолу и растерзали архиерея, однако зачинщики беспорядков были выявлены и повешены на Красной площади по приказу Екатерины II.
В 1812 году монастырь был разграблен французами.
В 1834 году в монастыре открывается духовное училище, в котором готовили воспитанников для поступления в семинарию. Детей из бедных семей обучали бесплатно.
В монастыре находилась иконописная палата им. Селезнёва для обучения живописи и исполнения работ по заказам.
В начале ХХ века монастырь был 1-го класса ставропигиальной обителью.
Каждый год, 19 августа, в день празднования Донской иконе, совершался крестный ход из Успенского собора Кремля в монастырь. Чудотворная Донская икона в то время пребывала в Благовещенском соборе Кремля.
1882. Донской монастырь. Из собрания Найдёнова
В конце 1917 г. или в начале 1918 г. было закрыто большевицкими властями Донское училище
В 1918 году монастырь был формально закрыт большевицкими властями, однако монастырская жизнь продолжалась до конца 1920-х годов.
С мая 1922 года в бывших казначейских покоях у северных врат монастыря пребывал (сначала под стражей) Патриарх Тихон; проживая там, за исключением 2-х периодов нахождения во внутренней тюрьме ГПУ весной — летом 1923 года, до середины января 1925 года, когда переехал в клинику Бакуниных на Остоженке. Скончавшись 25 марта (7 апреля) того же года в клинике, был погребён здесь же 30 марта (12 апреля) 1925 года, в Вербное воскресенье; был похоронен в подклёте Малого собора. В 1926 году к внешней стороне той же стены собора перенесли с Нового Донского кладбища могилу убитого 9 декабря 1924 года келейника Патриарха — Якова Полозова.
22 декабря 1925 г., вскоре после ареста Патриаршего Местоблюстителя митрополита Петра (Полянского), в монастыре под председательством архиепископа Екатеринбургского Григория (Яцковского) состоялось совещание 10-и архиереев, образовавшее "Временный высший церковный совет", что положило начало григорианскому расколу.
В 1920-х годах в монастыре устраивали антирелигиозную выставку, в дальнейшем в нём был организован Антирелигиозный музей искусств
1929 г. - все монастырские храмы были закрыты для богослужения. Ценные документы XVIII—XIX веков из архива монастыря были перемещены в государственные архивы (сейчас находятся в РГАДА и ЦИАМ)
1934 г. - открыт музей архитектуры Академии архитектуры СССР.
В 1930-е годы на территорию музея были свезены фрагменты некоторых разрушенных московских храмов: Успения на Покровке, Николы в Столпах, горельефы Храма Христа Спасителя; фрагмент Сухаревой башни, а также часть скульптурного убранства Триумфальной арки, стоявшей на Триумфальной площади. В 1964 году монастырь был превращён в филиал Музея архитектуры им. Щусева.
1946 г. - верующим вернули в 1960-е годы он был приписан к храму Положения Ризы Господней на Донской улице
В Малом соборе была устроена мироваренная печь, которая используется для изготовления мира для всей Русской Православной Церкви.
1982 г. - готовилось решение о возвращении Донского монастыря Патриархии для создания в нём официальной резиденции Московского Патриарха. Однако в итоге Церкви был возвращён не Донской, а Данилов монастырь.
1991 г. - монастырь был возвращён Церкви
18 августа 1991 г. - вновь освящён Большой собор.
Вечером 18 ноября 1991 г. неизвестным злоумышленником был подожжён Малый собор. Во время послепожарного ремонта были проведены раскопки, в ходе которых 19 февраля 1992 год было вскрыто захоронение патриарха Тихона, действительное наличие которого до того вызывало сомнения. Обретённые мощи святителя были положены в раку и впоследствии перенесены в Большой собор, где покоятся открыто на северной части солеи.
В конце 1990-х — начале 2000-х годов при наместнике Агафодоре интерьер трапезной Малого собора был расписан художником А. С. Россалем-Вороновым. За эти росписи Малого собора Донского монастыря художник был удостоен патриаршей награды — медали преподобного Сергия Радонежского. Но во время ремонта Малого собора Донского монастыря, проведённого при наместничестве епископа Кирилла (Покровского), сменившего наместника Агафодора, росписи Малого собора были полностью уничтожены.
16 августа 2007 года, накануне подписания Акта о единстве с Московским Патриархатом, делегация Русской Православной Церкви Заграницей во главе с митрополитом Лавром посетила монастырь и молилась у мощей Патриарха Тихона; молебен святителю Тихону у раки его мощей отслужил в присутствии наместник архимандрит Агафодор
В январе 2010 года наместник монастыря епископ Кирилл (Покровский) заявил, что планируется открыть музей новомучеников и расширить доступ в монастырь, создав здесь общецерковный миссионерский и образовательный центр с миссионерскими экскурсиями.
2014 г. - была проведена реставрация Малого собора с золочением куполов, установкой новых иконостасов (прежний иконостас перенесён в надвратный храм Захара и Елисаветы)
Монастырские строения:
Основная часть монастырского ансамбля сложилась в XVI-XVIII веках:
1686-1711. Краснокирпичные стены и двенадцать башен ограды - увенчанных декоративными коронами в стилистике московского барокко.
1686-1711. Корпус наместника
1714. церковь Архангела Михаила - в южной части монастыря. Построена иждивением стольника И. И. Дурново. В начале XIX века перестроена в стиле классицизма в усыпальницу княжеского рода Голицыных. Псевдорусские крыльца появились в самом конце XIX века. Внутри выставлены наиболее ценные образцы мемориальной скульптуры, перенесённые из других храмов монастыря и с уничтоженных некрополей.
1888-91. Храм Иоанна Златоуста и св. великомученицы Екатерины - неподалёку от северных ворот на средства купцов Первушиных. Строительство велось В. Д. Шером, В. П. Гавриловым и М. П. Ивановым по неовизантийскому проекту А. Г. Венсана. Иконостас разработал А. С. Каминский.
Снаружи монастыря, при северных воротах в конце XIX века была поставлена часовня, посвящённая "памяти чудесного спасения жизни Их Императорских Величеств и Августейшей семьи во время крушения 17 октября 1888 года царского поезда". Уничтожена при советской власти.
Водосвятный колодец сооружён по образцу существовавшего в XIX веке деревянного. Ныне он по своему прямому назначению не используется ввиду отсутствия пригодной для питья воды.
О монастырской ограде:
Монастырская ограда построена по всем канонам оборонного зодчества XVII века. Стены и 12 башен представляют в плане квадрат, в центре которого расположен большой собор. Четыре круглые угловые башни выступают на ¾ из плоскости стены. Исторически такое расположение было продиктовано необходимостью защиты стен. Восемь квадратных башен также наполовину выступают из плоскости стен.
Все башни имели бойницы: в квадратных башнях они были квадратные, а в круглых — круглые. Круглые бойницы появляются в русском оборонном зодчестве вместе с появлением огнестрельного оружия и артиллерии. Почти все башни были двухъярусными, и во втором ярусе имелись небольшие окошки, так как зачастую второй ярус использовали для жилья.
Строительство башни, как и всей монастырской ограды, было начато в 1686 году, заканчивали строительство в 1692 году. В 1950-х годах проводились реставрационные работы: была выполнена вычинка кладки стен и декора. Но по прошествии времени пришло в негодность покрытие гульбища, и из-за многолетних намоканий кладка разрушалась.
Башни монастыря (от западной надвратной колокольни по часовой стрелке), номера башен признаны официально и в монастырских документах, т в технической документации):